고타로우는 중학교 입시를 앞둔 초등학생. 어릴 적 엄마를 잃고 지금은 일로 바쁜 아버지와 둘이서 평범하지만 조용하게 지내고 있었다. 그런 어느 날, 고탈고우의 옆집에 미샤라는 소녀가 이사와 신출귀몰하게 고타로우의 뒤를 쫓아다닌다.
더군다나 이번엔 시아라는 신비한 소녀가 나타나 미샤 집에 눌러 삭게 되며, 고타로우와 두 소녀의 이웃 관계가 시작되었다.
그런 생활에도 익숙해졌을 무렵, 고타로우는 이상한 발작을 일으킨 시아에게 입술을 빼앗겨 혼수상태에 빠지게 된다.
미샤 덕분에 목숨을 건진 고타로우가 눈을 뜨자, 시아는 행방을 감추고 만다. 그런 가운데 고타로우는 증조 할아버지가 위독하시다는 연락을 받고 어머니의 고향으로 내려간다.
그곳에서 고타로우는 시아와 재회를 하게 되는데, 시아의 목숨이 다하려 하고 있었다. 시아의 목숨을 구할 열쇠가 잃어버린 과거에 있다고 생각한 고타로우는 미샤와 함께 과거로 날아간다.
그곳에서 젊은 시절의 고타로우와 증조부인 타로와 「시마」라고 이름을 바꾼 시아가 있었다. 고타로우는 고거를 엿보는 사이에 시아와 자신이 피가 이어진 관계라는 것을 알게 되지만, 현대로 돌아왔을 때엔 증조부인 타로는 그 생을 마친 뒤었다.
타로와의 작별을 마친 시아는 고타로우의 「엄마」가 되기로 약속한다. 하지만 집으로 돌아오는 도중에 시아의 생명은 다하고 말아, 그녀는 숨을 거두고 만다.
책임을 느끼며 마음을 닫아버린 고타로우. 하지만 미샤의 격려로 고타로우의 마음은 차츰 치유되고, 미샤에게 호의를 품기 시작한다. 하지만 고타로우는 미샤의 언니이자 천사인 사샤가 보여준 꿈으로 인해 「미샤의 과거」를 알게 되고, 미샤의 친절에 의혹을 품게 되고 마는데….