치과 의사로 명성이 자자한 이고쳐 선생님은, 치통을 앓던 이빨투성이 괴물을 치료해 주고 나서 더욱 유명해진다. 선생님을 찾는 환자가 점점 늘어나면서 유별난 환자도 많아진다.
어느날, 건망증이 심하고 성질이 고약한 '썩은 갑판' 선장이 병원에 치료를 받으러 온다. 썩은 갑판 선장은 치료가 끝나자, 다 썩어버려 뽑은 충치를 치료비라며 던져주고 가버린다. 그런데 이게 웬일! 썩은 갑판이 주고 간 충치 안에 보물섬의 지도가 들어 있는 게 아닌가? 이 고쳐 선생과 조수 리키는 배를 구해서 보물섬을 향해 모험을 떠난다.
