10歳の少女・千尋は、何事も自分からは行動を起こそうとしないひよわな現代っ子。引っ越しの途中、両親と一緒に神々が病気と傷を癒す為の温泉町へ迷い込んでしまった彼女は、町の掟を破り豚にされた両親と別れ、謎の美少年・ハクの手引きの下、湯婆婆という強欲な魔女が経営する湯屋で、千という名前で働くことになる。人生経験豊かなボイラー焚きの釜爺や先輩のリンに励まされながら、逆境の中、意外な適応力を発揮して働き始める千尋は、やがて怪我をしていた名のある川の主の傷を癒したり、他人とうまく交流出来ないカオナシの魂を解放へと導いていく。