アレクサンドリア

ローマ帝国が崩壊寸前の4世紀末、エジプト・アレクサンドリア。人々は古代の神をあがめていたが、ユダヤ教とキリスト教が勢力を広げつつあった。天文学者ヒュパティア（レイチェル・ワイズ）は美貌と知性に恵まれ、多くの弟子たちから慕われていた。そのひとり、オレステス（オスカー・アイザック）は彼女に愛を告白する。しかし、学問一筋のヒュパティアは拒絶する。ヒュパティアに仕える奴隷ダオス（マックス・ミンゲラ）も彼女に思いを寄せていたが、その身分ゆえ、それは秘する恋だった。キリスト教徒たちに古代の神々を侮辱された科学者たちは、彼らに報復する。