ゴジラ2000 ミレニアム

北海道・根室にゴジラが出現した。現場にいたゴジラ予知ネット（ＧＰＮ）を主催する篠田と小学生の娘・イオ、そして取材で同行していた雑誌『オーパーツ』の記者・由紀は、間近に見たゴジラに人間の作り出すエネルギーに対する憎悪を感じるが、果たしてゴジラは根室近郊に建つ巨大発電所を破壊する。同じ頃、茨木県沖の日本海溝では巨大な岩塊が発見されていた。危機管理情報局（ＣＣＩ）の内閣官房副長官である片桐は、科学者・宮坂を使って調査に乗り出すが、それは6千万年から7千万年前に地球に飛来したＵＦＯだったことが判明する。ところがその時、東海村の原発を狙って再びゴジラが現れる。