人間たちが自然を破壊し、多くの妖精たちが居場所を失っていた。黒猫の妖精シャオヘイ（声：花澤香菜）もまた森が開発されたことにより居場所をなくしてしまう。そんなシャオヘイに植物を自在に操る妖精フーシー（声：櫻井孝宏）が手を差し伸べ、住処である人里から遠く離れた島に案内。しかしそこへフーシーたちの不穏な動きを察知した最強の執行人ムゲン（声：宮野真守）が現れ、戦いの中、シャオヘイはムゲンに捕まってしまう。シャオヘイを奪還するため、フーシーたちはかねてから計画していたある作戦を開始。一方ムゲンはシャオヘイとともに、人と共存する妖精たちが暮らす会館を目指す。