池田屋への再出陣を経て、大和守安定（声：市来光弘）が修行へ旅立った“とある本丸”。その直後、安定へ思いを馳せる加州清光（声：増田俊樹）は、部屋に残された日記を発見する……。時は西暦2205年。歴史改変を目論む“歴史修正主義者”による過去への攻撃が始まった。歴史を守る使命を与えられた“審神者”によって励起された最強の付喪神“刀剣男士”たちは、“とある本丸”を舞台に、ひたむきに生き抜いてゆく……。