ピーター（トム・ホランド）はミステリオ（ジェイク・ギレンホール）を倒したものの、デイリー・ビューグル紙がミステリオの遺した映像を世界に向け公開。ピーターがスパイダーマンであることが暴かれ、ミステリオ殺害の容疑をかけられてしまう。ピーターは大切な人に危険が及ぶことを危惧し、共にサノスと闘ったドクター・ストレンジ（ベネディクト・カンバーバッチ）に自分がスパイダーマンだと知られていない世界にしてほしいと頼む。しかしドクター・ストレンジが呪文を唱えたところ、時空が歪み、マルチバースの扉が開かれてしまい……。