数千年後の未来。人類は宇宙空間に進出し、専制政治を敷く銀河帝国と民主主義の自由惑星同盟という異なる政治体制を持つ二国に分かれた。二国間の抗争は際限なく広がる銀河を舞台に150年に及び絶えることなく戦闘を繰り返されている。銀河帝国は門閥貴族社会による腐敗が、自由惑星同盟では民主主義の弊害ともいえる衆愚政治が両国家を蝕む中、宇宙暦8世紀末、銀河帝国にラインハルト・フォン・ローエングラム（声：宮野真守）、自由惑星同盟側にはヤン・ウェンリー（声：鈴村健一）という二人の天才が現れる。宇宙暦796年（帝国暦487年）。自由惑星同盟の遠征軍は3千万人の将兵を動員し、銀河帝国宇宙艦隊副司令長官となったラインハルト元帥と麾下の率いる大艦隊と帝国領内で交戦。8個艦隊中3個艦隊を失い甚大な被害を受けたものの、自由惑星同盟最高評議会の意向を受けたロボス総司令官は残存戦力を集結させて戦闘を継続するよう指示を出す。一方ラインハルトも自由惑星同盟軍の集結ポイントであるアムリッツァ星域へと進攻。こうして後にアムリッツァ星域会戦と呼ばれる戦いが始まった。アムリッツァ星域会戦の翌年、銀河帝国皇帝フリードリヒ四世が後継者を指名しないまま急死し、門閥貴族による権力闘争に発展。そして自由惑星同盟内では大規模な軍事クーデターが勃発。帝国、同盟それぞれの国を揺るがす二つの内乱は、ラインハルトとヤンの行く末をも左右していく。