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マデリン（アマンドラ・ステンバーグ）は、生まれつき重度の免疫不全を抱える18歳の少女。厳重に衛生管理された屋内で、医師の母ポーリーン（アニカ・ノニ・ローズ）と看護師カーラ（アナ・デ・ラ・レゲラ）に囲まれ、人生を家の中だけで過ごしてきた。そんなある日、彼女は隣の家に引っ越してきた少年、オリー（ニック・ロビンソン）と知り合う。窓越しにメールするうち、彼の不思議な魅力に惹かれたマデリンは、カーラに頼みこみ、お互い近づかないことを条件に家の中で初めて会う。ところがしばらくして、父親に殴られているオリーを助けるため、マデリンは命の危険も顧みず、家を飛び出してしまう。だがそれが原因で、母からは二度とオリーに関わらないよう、厳しく咎められることに。オリーのことを忘れようとするマデリン。だが、彼女はやがて自分のすべてを懸けた決断を下す。彼女の決断とは……？そして、その先に待つ運命は……？