1942年4月18日。大日本帝国海軍連合艦隊司令長官山本五十六大将（三船敏郎）は、渡辺安次中佐（クライド・草津）から、帝都東京が米軍の空襲をうけたという報告を受けた。その頃、太平洋を隔てたホノルルのアメリカ合衆国太平洋艦隊真珠湾基地では、マット・ガース大佐（チャールトン・ヘストン）が、太平洋艦隊司令長官チェスター・Ｗ・ニミッツ大将（ヘンリー・フォンダ）の司令で、海軍情報局のジョセフ・Ｊ・ロシュフォール（ハル・ホルブルック）を訪ねていた。日本海軍が近々、新たなる作戦を開始する気配を察知したニミッツ長官は、日本軍の動静に関する情報を必要としていたのだ。情報局を出たガース大佐は、そこにホノルルにはいない筈の息子トム・ガース少尉（エドワード・アルバート）の姿を見つけて驚いた。トムは恋人である日系人の娘、佐倉春子との結婚の許しを父に求め、同時に最近逮捕された春子の両親が釈放されるよう、父に尽力を頼む。帝国海軍連合艦隊の戦時待機錨地、広島湾柱島。戦艦大和の艦上で山本長官を囲み、作戦会議が進行していた。出席者は、第2艦隊司令長官近藤信竹中将、第1機動部隊司令長官南雲忠一中将（ジェームズ・繁田）などだった。艦船数でアメリカ海軍を圧倒する日本海軍が、この機に乗じてアメリカの主力、太平洋艦隊をミッドウェイ沖にさそい出し、艦隊による決戦にもち込んで叩けば日本は太平洋を制圧しうる、これが山本長官の決断だった。それに対し、日本軍の基地航空部隊の援護が無い事などを主な理由に近藤中将ははっきり反対の意見を具申した。一方、ホノルルでは、ガース大佐とロシュフォール中佐に迎えられたニミッツ長官が副官のアーネスト・ブレイク少佐（ロバート・ワグナー）を伴い水上飛行艇で真珠湾基地に到着した。そして日本軍の通信暗号『目標ＡＦ』がミッドウェイをさすことをつきとめた。しかし、ワシントンの海軍本部から派遣されて来たビントン・マドックス大佐（ジェームズ・コバーン）は、ミッドウェイ作戦が米軍をまどわすための陽動作戦であることを主張する。山本長官がミッドウェイ作戦を決断、大本営軍司令部が昭和17年5月5日に作戦実行を命令した頃にミニッツ長官も基地の防備と増強に着手、日本艦隊の迎撃作戦を命令する。太平洋上の豆粒ほどの島ミッドウェイ目指し日米両艦隊は秘やかに、しかし着々と動き始めた。日米の艦隊比率は日本4に対しアメリカは僅か1だった。5月29日、まずエンタープライズとホーネットを擁する第16機動部隊が真珠湾を出撃、司令官はレイモンド・Ａ・スプルアンス海軍少将（グレン・フォード）。本来はウィリアム・Ｆ・ハルゼー中将（ロバート・ミッチャム）が司令官だったが、出撃を前に病に倒れたため、交代したのだ。6月5日、ミッドウェイ決戦の火ぶたは、友永丈市大尉を総司令官とする第1次攻撃隊と、これを迎え撃つミッドウェイ基地戦闘機隊40機の間で切られた。しかし、レーダーを搭載している米艦隊は日本軍の動きの全てを先刻承知していた。午前7時24分、ようやく第2次攻撃隊の発艦準備が整った連合艦隊空母群、赤城、加賀、蒼龍から1番機が飛び立った。あと5分あれば満載されている戦闘機の全部が飛び終わっていたと思われるとき、雲の切れ目を利用して急降下爆撃機が赤城、蒼龍、加賀、飛龍めがけて突っ込んできた。空母は転回する余裕すらなかった。日本軍は4隻のうち3隻まで失った。残る1隻飛龍はヨークタウンを撃沈したものの、ガース大佐の指揮する急降下爆撃隊によって撃沈された。大海戦の勝敗は決した。勝利に湧く真珠湾に、激戦を終えた太平洋艦隊が凱旋した。