ヒックとトゥースの活躍により、バーク島に平和が戻ってから5年。島では平穏な日々が続いていた。ある日、ドラゴンを捕まえて軍団を作り、人々を支配しようと企むドラゴという支配者の存在を知ったヒックは、島のドラゴンたちを守るため、ドラゴを説得しに旅立つことに。そこには見たことのない巨大なドラゴンや、凶暴なドラゴン軍団が待ち受けていた……。