1999年、巨大隕石が地球に落下した。世界の全ての海が干上がり、ワームと呼ばれる地球外生命体が地球に侵入する。ワームは人間に擬態する能力を持ち、人間社会に潜伏・侵食を始める。ワームの脅威から人類を守るため、秘密機関ZECT＜ゼクト＞はマスクドライダー・システムを開発する。選ばれた戦士＝仮面ライダーとワームとの壮絶な闘いが始まる。その7年後、ゼクトが内部分裂を起こし、反乱分子＜ネオゼクト＞が誕生する。