ポケモンマスターを志しイッシュ地方を旅するサトシ（声：松本梨香）とサトシの相棒ピカチュウ（声：大谷育江）、アイリス（悠木碧）、デント（宮野真守）たち。次の目的地であるローシャンへ向け歩を進める一行は、途中の列車の中で、幻のポケモン・ケルディオが傷を負い倒れているのを見つける。ケルディオは、世界やポケモンを守る聖剣士と呼ばれるコバルオン、ビリジオン、テラキオンに付いて修行し、次代の聖剣士と目されているポケモンだった。すると突然、レシラムとゼクロムの力を併せ持つ最強のドラゴンタイプのポケモン・キュレムが襲いかかる。なんとかキュレムの手から逃れたと思ったのも束の間、キュレムはブラックキュレムやホワイトキュレムに変身しながらサトシらに猛追をかける。サトシたちの仲間を救おうとする勇気や友情に触れ、ケルディオは眠っていた力を目覚めさせる。