シーズン2のエンディングからのストーリーが続く。ギャラクティカのクルーが居住可能な惑星を発見するが、カプリカ6(トリシア・ヘルファー)とシャロン(グレイス・パーク)に導かれたサイロンが出現し、人類に驚くべき和平の申し出をする。