ニューヨーク。レオン（ジャン・レノ）は完璧に仕事を遂行する一流の殺し屋。一日2パックの牛乳と肉体のトレーニングを欠かさない彼の唯一の楽しみは、安アパートで自分と同じように根っこを持たない鉢植えの観葉植物に水を与えることだった。彼の隣の部屋に住む12歳のマチルダ（ナタリー・ポートマン）もまた、家族から疎ましがられる孤独な少女。ある日、不気味な男スタンフィールド（ゲイリー・オールドマン）と部下たちが彼女の父親を訪ねて、預けたヘロインをかすめ取った奴がいると言い、明日の正午までに盗んだ奴を捜せと告げて帰る。翌日、スタンフィールドと仲間たちはマシンガンを手にアパートを急襲し、たった4歳の弟も含めてマチルダの家族を虐殺した。