かつて人斬り抜刀斎と呼ばれ恐れられた緋村剣心（佐藤健）は、新時代の幕開けとともに、斬れない刀・逆刃刀を持つようになった。剣心たちは志々雄真実が企てた日本転覆計画を阻止しようと死闘を繰り広げた後、神谷道場で平和に暮らしていたが、突如何者かが東京中心部を相次いで攻撃。剣心とその仲間の命に危険が及ぶ。このことは明かされることのなかった剣心の過去に大きく関係しており、決して消えることのない十字傷の謎へとつながっていく。