地球連邦軍対バグズの戦争も開戦から11年。連邦政府の放送は第二次バグズ大戦の始まりを告げ、人々に軍への入隊を呼びかけている。バグズの侵攻に脅かされる連邦軍防御の要、植民惑星ロク・サンの防衛基地では、11年前に惑星Pでの戦いで名を馳せた英雄ジョニー・リコ大佐（キャスパー・ヴァン・ディーン）が指揮を執っていた。そこに、連邦軍総司令官で人気歌手でもあるオマー・アノーキ（スティーヴン・ホーガン）が、ディックス・ハウザー将軍（ボリス・コドジョー）と、宇宙艦隊旗艦ジェロニモの艦長でハウザーの恋人ローラ・ベック（ジョリーン・ブラロック）を伴い視察に訪れる。