この世には無数のパラレルワールドが存在する。その中の一つに動物の姿をした守護霊“ダイモン”を連れて人々が暮らしている世界があった。幼い頃に両親を亡くしたライラ（ダコタ・ブルー・リチャーズ）は、オックスフォード大学のジョーダン学寮で育てられていた。唯一の身内である叔父のアスリエル卿（ダニエル・クレイグ）は探検家であり、滅多に顔を合わせる機会がない。ライラはパンタダイモンと共に、親友ロジャーと遊び回る日々を過ごしていた。街では、子供たちが連続して誘拐される事件が頻繁に起こり、それは誘拐団ゴブラーによる犯行と噂されていた。ある日、上流社会で絶大な権力を持つコールター夫人（ニコール・キッドマン）がライラを引き取りたいと申し出る。その旅立ちの日、学寮長がライラに渡したのは黄金の羅針盤だった。そして、ロジャーが姿を消す…。