西暦2205年。ガミラスの人々は寿命を迎えつつある母星を離れ、新天地ガルマン星への移住を開始。だがその移送が半分も終わらぬうちに、ガミラス星は正体不明の敵の攻撃を受け、無惨にも破壊されてしまう。衝撃で軌道を逸脱した双子星・イスカンダルを牽引し、持ち去ろうと目論む謎の敵――暗黒の大艦隊を率いるデザリアム。生き残った十万人あまりのガミラス人と、イスカンダルに残るスターシャ女王を救出するため、デスラー（声: 山寺宏一）はかつての仇敵・宇宙戦艦ヤマトと共にデザリアムに戦いを挑むが……。