近未来。ミュータントはほぼ絶滅してしまい、優れた治癒能力を持っていたローガン（ヒュー・ジャックマン）も今やその力を失いつつあった。そんな彼に年老いたチャールズ・エグゼビア（パトリック・スチュワート）から最後のミッションが託される。それは、絶滅の危機に瀕したミュータントに残された唯一の希望である少女ローラ（ダフネ・キーン）を守ることだった。強大な武装組織の襲撃を逃れながら荒れ果てた地を行く3人。その先には、想像しえぬ運命が待ち受けていた。
