“鬼の副長”と呼ばれる真選組副長・土方十四郎の下に、幕臣の中でもエリートばかり輩出している名門・佐々木家出身の佐々木鉄之助が小姓としてやってくる。鉄之助は各部署をたらい回しにされた末に真選組へ送られてきた手のつけようのない問題児で、土方はふざけた態度の鉄之助に苛立ちながらも面倒を見続けた。ある日、警察内でもエリートが集まる見廻組の局長・佐々木異三郎と出くわし、異三郎は義理の弟である鉄之助のことを妾の子と言って蔑んできた。土方は居場所がどこにもない鉄之助にどうしようもないバラガキだった頃の自分を重ね、異三郎に真正面からケンカを売る。土方の過去を知った鉄之助は、その姿を目標に強くなろうと改心。土方から大事な手紙を届けるよう託され意気込む鉄之助だったが、その道中、過激攘夷集団・知恵空党(チェケラとう)にさらわれてしまう。警察の縁者である鉄之助を人質に取り真選組と見廻組を一気に潰そうと目論んでのことだったが、見廻組は人質に構うことなく知恵空党を潰し、さらに鉄之助を預かっていた真選組に責任を取らせて始末しようと画策する。異三郎が知恵空党を一掃するために自身の弟を道具にしたことに土方は激高。真選組と見廻組は激突し、全面戦争に発展し……。