2006年、夏。5年生の尾崎竜平（声：小林沙苗）は、父親の昇平（二又一成）が小学生のときに書いた「大東京地下探検記」というノートを見つける。そこで竜平はチャット仲間の俊（相田さやか）と義雄（梅田貴公美）を誘って、新しく探検隊を結成。夏休みのある日、勝手についてきた弟のサスケ（矢島晶子）を加えた4人で、地図に記された秘密の宝物をめざして、マンホールから地下に降りる。やがて少年たちは地下で暮らす又吉（塩屋浩三）と偶然出会い、誰もいないと思われた世界に怪しげで、しかし気のいいオトナが数多く住み着いていることを知る。子どもたちは住人に歓迎されるが、それで何かのタガが外れたのか、旧日本陸軍の生き残りと称する山下老人（島田敏）や、義雄のいとこの桃代（浅川悠）までも巻き込んで、居住地は過激派の繰り出す火炎瓶と38歩兵銃の銃弾が飛び交う戦場となる。果たして、地下に隠された“日本の宝”の正体とは……！？