白色彗星帝国との戦いから三年──。滅びに瀕したガミラス民族を救うべく、新たな母星の探索を続けていたデスラー総統は、天の川銀河の一画に条件に見合う星を見出す。が、そこは、強大な星間国家の領域内であった。銀河で勃発した領土紛争は、ガミラスと安全保障条約を結ぶ地球を否応なく巻き込んでゆく。地球に軍事的・経済的優位性をもたらしてくれた時間断層という魔法は、自分たちの命と引き替えに消滅してしまった──自責の念に駆られながらも、ヤマト新艦長の任についた古代進は、来るべき有事に備えて新クルーらと共に訓練航海に旅立つ。その中に、自分をつけ狙う何者かが紛れ込んでいるとも知らずに。かつてない不安の時代に、新たなる旅立ちの時を迎えるヤマト。その行く手では、想像を絶する新たな敵が待ち構えていた……。