氷山を輸送していた一艘の貨物船。その氷山が突如ひび割れ、中から巨大なサメが現れる。それは、過去に二度も世界を滅亡の危機に至らしめた“メガ・シャーク”だった。巨大なワニ“クロコザウルス”との戦いで息絶えたと思われていたが、三度現れた海の覇者は、その獰猛さをスケールアップさせ、各地で暴れ回る。国連はすぐさま世界の全海域を封鎖し、まだ試運転前であった史上最強の兵器“メカ・シャーク”を出動させるが……。
