お台場とデジタルワールドを行き来した冒険の日々から10年が経過した2012年。それぞれの道を歩き出した本宮大輔(声:片山福十郎)たち選ばれし子どもたちと、パートナーデジモンは変わらぬ絆で結ばれていた。そんなある日、東京タワー上空に突如巨大なデジタマが出現。「みんなにともだちを。世界中すべてのひとにデジモンを」世界中にメッセージが発信されるなか、大輔たちの前に欠けたデジヴァイスを持った青年・大和田ルイ(声:緒方恵美)が現れる。選ばれし子ども誕生の裏には、幼いルイのたった一つの願いが隠されていた……。やがて過去、現在、全てが繋がった時、デジモン史上最大の危機が訪れる……。