舞台は約10年後の惑星パンドラ。 その間、ジェイクとネイティリの子供を持ち家族になる。一家は神聖なる森を追われ海の部族に助けを求めるが、その楽園のような海辺の世界にも人類の侵略の手が迫っていた・・・。