ロータという町にある“オルランド城”で開催された、波導の勇者“アーロン”を称えるポケモン・バトルに参加し、見事優勝したサトシとピカチュウ。ところが、その夜開かれたパーティで、ピカチュウが遊びに来ていたミュウ、ニャースと一緒に姿を消してしまった。そこで、サトシたちはピカチュウを探す為、優勝者に送られる杖の飾り珠に数百年もの間封印されていたアーロンの従者・ルカリオと共に、ミュウが棲む“世界のはじまりの樹”へ向けて旅立った。