東京湾沿岸に浮かぶ孤島に幽閉されていた、闇のダークヒーロー、シャドウ（声：キアヌ・リーブス）。永い眠りから目覚めたシャドウは施設を破壊し、日本を象徴するランドマーク・シティ、渋谷に降臨する。東京のみならず世界を揺るがす緊急事態に、ソニック（ベン・シュワルツ）、テイルス、ナックルズ（イドリス・エルバ）が派遣され、スクランブル交差点のど真ん中でシャドウと対峙する。
