刑事デニー・コルト(ガブリエル・マクト)は殺されたあと謎の復活を遂げ、マスクで顔を隠した“スピリット”としてセントラル・シティを守っていた。ある夜、古い沈没船を巡って凶悪犯罪者オクトパス(サミュエル・L・ジャクソン)が何か企んでいると聞き、スピリットは現場であるウォーターフロントの河口へ向かう。スピリットとオクトパスが戦っている間に、オクトパスの腹心シルケン・フロス(スカーレット・ヨハンソン)は水底からあさった謎の品を持ってアジトへ向かう。