時は幕末、江戸のはずれには、官軍対幕軍の激闘の惨状が広がっていた。両軍決戦で瀕死となった幕軍の真之介（藤間宇宙）と官軍の吉衛門（ユキリョウイチ）を救った町医者・武田長庵は、彼らを診療所に連れて行き治療する。そのころ町中では、勝利を収めた官軍が、幕軍の残党狩りで大挙していた。しかも、匿った者には厳罰を下すというお触れも出てしまう。長庵や診療所の住人は、真之介と吉衛門を引き離そうと右往左往する羽目に。そんななか、訳ありの武家奥方・珠子まで、診療所に運び込まれてくる。そしてついに、真之介と吉衛門が相部屋になってしまい、さらに珠子を追って大悪党まで現れて、診療所は大騒動に巻き込まれていく……。