両親を亡くした少年ルイス（オーウェン・ヴァカーロ）は、叔父ジョナサン（ジャック・ブラック）の古い屋敷で暮らすことになる。ところがなんとジョナサンは、二流でポンコツだが、不思議な力を使える魔法使いだった。さらに、隣に住む綺麗で優しいツィマーマン（ケイト・ブランシェット）も魔女だったことが明らかに。ただし、こちらは一流。ルイスはそんな2人と時計がいっぱいの屋敷で不思議な暮らしを始める。ある日、世界を破滅へと導く“時計”が屋敷に隠されていることを知ったルイス。果たして、2人の魔法使いと“時計”を探し出し、その謎を解き、世界を救うことができるのか……！？