史上最悪の黒い魔法使いグリンデルバルド（マッツ・ミケルセン）が魔法界の支配権を握ろうとしていることを知ったダンブルドア（ジュード・ロウ）は、シャイでおっちょこちょいな魔法動物学者ニュート・スキャマンダー（エディ・レッドメイン）をはじめとした魔法使いの仲間たちやマグル（非魔法族）とチームを結成し、グリンデルバルドに立ち向かう。