伝説の忍者たちと会える！？“夢の忍者ランド”から招待されたニンニンジャーは、期待に胸を膨らませて出発する。しかし、彼らが乗ったのは、なんと妖怪烈車。妖怪ワニュウドウが見せる幻覚で、アカニンジャーこと伊賀崎天晴（西川俊介）たちはピンチに陥ってしまう。そこへ現れたのは、かつて世界を闇で包もうとする悪の路線シャドーラインを倒した烈車戦隊トッキュウジャー。その話によると、“夢の忍者ランド”は、実は“闇忍者ランド”だという。シャドーラインの残党・闇博士マーブロ（山里亮太）が、伝説の忍者の“闇クローン”を作るため、ニンニンジャーをおびき出したのだ。天晴が闇のオーラに包まれ、そこからハイブリッド忍者“闇アカニンジャー”が誕生。このままでは天晴の忍タリティが失われ、天晴自身も消滅してしまう……。今こそ2大スーパー戦隊が力を合わせる時。忍タリティとイマジネーション、そして“家族を想う力”で、最大の危機に立ち向かう！