ニューヨークのブルックリン。マイルス・モラレス（声：シャメイク・ムーア、日本語版：小野賢章）は、頭脳明晰で名門私立校に通う中学生、そしてスパイダーマンだ。しかし、その力をまだうまくコントロール出来ずにいた。そんなある日、何者かにより時空が歪められる大事故が発生。天地を揺るがす激しい衝撃によって歪められた時空から集められたのは、全く異なる次元＝ユニバースで活躍する様々なスパイダーマンたちだった。マイルスは、長年、スパイダーマンとして活躍してきたピーター・パーカー（日本語版：宮野真守）指導の下、一人前のスパイダーマンになるための訓練を開始。さらに、女性スパイダーマンのスパイダーグウェン（声：ヘイリー・スタインフェルド、日本語版：悠木碧）もマイルスの前に現れる……。