ラストニンジャこと伊賀崎好天（笹野高史）が、伊賀崎天晴（西川俊介）たちニンニンジャーに“夏休みの宿題”を出した。忍びの者だけが行くことのできる“忍隠れの里”。その中心にある“忍隠れ城”が、牙鬼軍団の侍大将・弓張重三に襲われているというのだ。もはや落城は時間の問題だったが、好天は若き忍者たちに忍隠れ城の殿さま救出を命じる。早速、城へと向かった6人は、見事にミッションを成功させるが、救出された殿さまこと八角辰之助（藤本敏史（FUJIWARA））は“祟り”によって恐竜の姿に変えられていた。そして、6人に課せられたもう1つの宿題は、忍隠れの里に“LOVE & PEACE”すなわち、“愛と平和”をもたらすこと。里で危機に瀕している人々を助けるため、ニンニンジャーは強敵・弓張重三が率いる牙鬼軍団との決死の戦いに挑む。弓張が求める伝説の“悪しき竜”とは“恐竜殿さま”となった辰之助の事なのか？やがて現れた“強大なる力”の前に、ニンニンジャーは絶体絶命の危機に陥るが……。