アメリカ海軍エリート中のエリートパイロットを養成する空中戦訓練校トップガンの卒業生たちが招集されるが、ベスト・オブ・ザ・ベストのエースパイロットたちをもってしても到底成功できない任務に直面。そこに、今や軍のトップに立った旧友アイスマンの特命を受けた伝説のパイロット・マーヴェリック（トム・クルーズ）が教官として赴任。マーヴェリックは記録的な成績を残したトップガン史上最高のパイロットでありながら、型破りで組織に縛られない振る舞いから、一向に昇進せず、現役であり続けている。彼はある思いを胸に、若きトップガンたちと共に空に命を懸ける。
