予言者ムラシネ（津田寛治）による終末予言が巷で囁かれるなか、美大生・海崎塁斗（岸本勇太）は連夜、不可解な悪夢に苦しめられていた。それは、戦場で得体の知れない敵と闘い負傷してしまう妙にリアルな夢であった。ある朝、塁斗は街なかで謎の黒服の男たちに拉致されそうになり、追い回される。だが次の瞬間、逃走する塁斗の頭上、遥か上空に巨大な空中要塞Battle Air Castleが出現。塁斗は閃光とともに上空に吸い上げられてしまうのだった。やがて、正体不明の空中要塞の中で、7人の若者たちによる地球の命運を賭けたミッションが開始される……。