相次ぐ自然災害が、日本列島を襲う。その原因を探るために潜水艇『わだつみ6500』の操縦士である小野寺俊夫（草なぎ剛）は、地球科学博士・田所（豊川悦司）の指揮のもと、同僚の結城（及川光博）と深海調査に向かった。そこで判明したのは、バクテリアの発生によって海底プレートが急速に沈降しているという衝撃的な事実だった。あらゆるデータをもとに試算を繰り返す田所は、日本列島が1年後には沈没するという驚愕の結論を得た。その危機を訴える田所だが、エキセントリックな彼の言動は学会でも一笑に付された。しかし、内閣総理大臣の山本尚之（石坂浩二）は田所の学説を受けとめて、閣僚内に危機管理担当大臣を置く。そんな中、地震災害の被害者救出に向かった小野寺は、ハイパーレスキュー隊員の阿部玲子（柴咲コウ）と出会う。二人の努力によって、倉木美咲（福田麻由子）は一命を取り留めるが、彼女は震災孤児となった。