ホグワーツ魔法魔術学校の卒業生ニュート・スキャマンダー（エディ・レッドメイン）は、シャイでおっちょこちょいな魔法動物学者。世界中を旅しては魔法動物を集め、不思議なトランクに詰め込んでいる。そんななか、イギリスにもどって来たニュートは、捕らえられていた“黒い魔法使い”グリンデルバルド（ジョニー・デップ）が逃げ出したことを知る。魔法界と人間界の支配を企むグリンデルバルドを追って、ニュートは恩師ダンブルドア（ジュード・ロウ）やニュートの仲間、魔法動物たちと共にパリへと向かう……。