次のポケモンコンテストに参加するため、アラモスタウンへやってきたサトシたちは、アリスという少女に出会う。アリスは、サトシたちを街の観光名所へ案内する。すっかりはしゃぎまわるサトシだったが、その後、何者かによって荒らされた庭園を目撃する。街の有力者であるアルベルト伯爵は、幻のポケモン・ダークライの仕業と確信している様子。その頃、時空の狭間では、ディアルガとパルキアが激しい戦闘を繰り広げていた。