紀元前1世紀のパレスチナ。神への到達を目指すナザレのイエス(ウィレム・デフォー)は、まだ顕れることのない神からの啓示を待ちわび、日毎深まる精神的、肉体的苦痛に耐えていた。ユダヤ教会からイエスの刺客を命ぜられるユダ(ハーヴェイ・カイテル)は、砂漠で神に清められたという彼の姿に畏怖に似た思いを抱き、殺さずしばらく共に行動することにした。ユダはやがて、淫婦と蔑すまれ折檻をうけているマグダラのマリア(バーバラ・ハーシー)をかばい、群衆に山上の説教を始めるイエスに、彼こそが国を統一する救世主かも知れないと思い始めるのだった。