氷原地帯で繰り広げられた宇宙からやって来たポケモン“デオキシス”とオゾン層に住むポケモン“レックウザ”の壮絶なバトルから4年、コンピュータ制御されたハイテクの街“ラルースシティ”にあるロンド博士の研究所では、デオキシスが残した結晶体の解析が進められていた。同じ頃、街を訪れていたサトシとピカチュウたちは、博士の息子でポケモンが苦手な少年・トオイやポケモンマスターを目指すリュウたちと交流を深めていたが、そんな中、氷海に沈んでいたデオキシスが飛来。