地図製作者で言語学者でもあるマイロは亡き祖父の意志を継ぎ、失われた大陸「アトランティス」の発見を夢見て研究を続けていた。ある日、マイロは祖父の親友という大富豪のウィットモア卿から祖父が残したという「アトランティス」の謎を解く「羊飼いの日誌」を渡される!マイロはウィットモア卿が用意してくれた潜水艦でエキスパート達と共に、伝説の帝国アトランティスへと旅に出るのだった…。