アメリカ東部のある町。その異変は突然起こった。雲ひとつない晴天だったのが、何の予兆もなく天候は崩れ、強風がうなり声をあげる。上空では激しい稲光が交錯し、その一つは地上にまで達した。やがて大地は揺れ、禍々しくも、邪悪な裂け目がその表面を覆った。その場に居合わせた労働者のレイ（トム・クルーズ）は、自分たちに襲いかからんとする“何者か”の存在を敏感に感じとり、別れた妻との間の二人の子供、息子のロビー（ジャスティン・チャットウィン）と幼い娘レイチェル（ダコタ・ファニング）の元へと急ぐ。そして彼は知る。次々と起きた不可思議な超常現象が、更に想像を超えた形へと変化し、世界の16ヶ国で同時に人々に襲い掛かってきたことを。平和な時は一転して失われ、世界中の人々の心は恐怖で満ちあふれた。今、人類が未だかつて想像すらし得なかった“侵略者”たちが操る巨大な“トライポッド”が、人類の前にその姿を現すのだった。