地上4000mの山岳地帯で飛行機が墜落した。世界唯一の動物レスキュー、エース・ベンチュラ(ジム・キャリー)が、ただ一匹断崖絶壁に放り出されてしまったアライグマの救出に向かうが、善戦虚しくその命を救えなかった。この惨劇で一生癒えることのない深い傷を心に負ったエースは、魂の救済を求めて秘境チベットの僧院にこもる。だが、そんな彼の前にボナイ国のイギリス領事館の使節、グリーンウォール(イアン・マクニース)が現れてエースは相棒の猿のスパイクを連れて、一路アフリカに向かう。カドビー領事(サイモン・カラウ)はエースに、何者かに盗まれたアフリカの平和なワチャタイ部族の聖なる動物である、白いコウモリのシカカを捜し出してほしいと頼んだ。ワチャタイの酋長の娘(ソフィー・オコネド)と、戦闘的なワチュトー部族の王の息子(トミー・デイヴィッドソン)の結婚式が迫っており、もしそれまでに見つけなければ部族間の戦争が勃発する危機が迫っていた。