国際的犯罪組織・黒ずくめの組織のメンバーであるコードネーム:シェリーこと科学者の宮野志保は、毒薬 APTX(アポトキシン)4869 を開発。APTX4869は工藤新一に用いられ、彼の身体は幼児化してしまった。ある時シェリーは姉・明美は黒ずくめの組織に殺されたことを知り、組織を裏切り、自らAPTX4869を服薬。すると彼女もまた身体が幼児化し、組織から逃亡する。同じ運命を背負ったコナンと出会い、灰原哀と名乗りコナンたちの通う学校に編入して身を隠すうちに、コナンたちとの距離を縮めていった。しかし黒ずくめの組織によって窮地に追い詰められ……。