忍びの世界で最強の名をほしいままにしていた虎影(斉藤工)は、6年前にその道を捨てて、今は忍者の里の片隅で愛する妻・月影(芳賀優里亜)と子供・孤月(石川樹)とともに静かに暮らしていた。ある日、“黄金の巻物”を手に入れた忍者の首領がもう片方の“銀の巻物”も手に入れようと、あらぬ罪で孤月を人質にとったため、やむなく虎影と月影は再び任務に就く。二人は、“銀の巻物”を持っている藩主の館に忍び込み、巻物を盗み出すことに成功する。しかし、人柱になっていた少年を助けたため、傭兵忍者部隊に捕まってしまう。虎影は悪辣な藩主に交渉し、月影を人質として残し、孤月を救うため、忍者の里へ再び向かう。