ニューヨーク、マンハッタンの下水道で、レオナルド(マーク・カーソ)、ラファエロ(マット・ヒル)、ドナテルロ(ジム・ラポーサ)、ミケランジェロ(デイヴィッド・フレイザー)の4匹のタートルズが修業している。そこへ美人テレビ・レポーターのエイプリル(ペイジ・ターコウ)が骨董品屋で買った奇妙な笏を持って現われる。落雷とともに彼女は消え、1603年の日本にタイムトラベルし、大名ノリナガ(サブ・シモノ)の城に現われる。