ニューヨーク、マンハッタンの下水道で、レオナルド（マーク・カーソ）、ラファエロ（マット・ヒル）、ドナテルロ（ジム・ラポーサ）、ミケランジェロ（デイヴィッド・フレイザー）の4匹のタートルズが修業している。そこへ美人テレビ・レポーターのエイプリル（ペイジ・ターコウ）が骨董品屋で買った奇妙な笏を持って現われる。落雷とともに彼女は消え、1603年の日本にタイムトラベルし、大名ノリナガ（サブ・シモノ）の城に現われる。