遺伝子学者ブルース・バナー(エリック・バナ)は、実験中に致死量のガンマ線を全身に浴びる事故に巻き込まれる。奇跡的にも無事だったが、まもなく、死んだと思われていた彼の父デイヴィッド(ニック・ノルティ)が姿を現わした。そしてブルースは、怒りの感情と共に、緑色をした巨大なモンスター、ハルクへと変身する体になっていた。デイヴィッドが自らの体で遺伝子実験を行なったため、その特殊遺伝子が息子のブルースにも遺伝していたのだった。破壊のあとを残していくハルクに全米中が恐怖したが、ブルースの元恋人である女性科学者ベティー(ジェニファー・コネリー)だけがハルクを信じていた。だが捕獲に失敗したベティーの父のロス将軍(サム・エリオット)は、ハルクの正体が人間であることを知りながら、最終兵器を持ち込んだ撃退指示を出す。その頃、デイヴィッドもモンスター化してハルクと格闘を始めていたが、軍は両者ともミサイルでやっつけた。しかし一年後、身を隠しながらまだ生きているブルースの姿があるのだった。